În decursul istoriei, Dumnezeu a cercetat mereu biserica creştină, prin mici grupuri de creştini care considerau că biserica creştină trebuie să se întoarcă la învăţătura iniţială din Sfânta Scriptură, dar prin puterea politica a bisericii, aceste mişcări evanghelice au fost înăbuşite.
Biserica de Apus, adică Biserica Romano-Catolică, fiind mai raţională, a fost cumva mai mult cercetată de Dumnezeu, decât Biserica de Răsărit, adică Biserica Ortodoxă, care este dominată de misticismul oriental.
În Biserica de Apus, în secolul XIV, în Anglia, a apărut Wycliffe -1329-1384- un mare teolog catolic, care de-altfel este renumit şi sub numele de Luceafărul reformaţiei. Studiind Biblia, el şi-a dar seama că practica Bisericii Catolice nu este evanghelică, şi aceasta din cauza lipsei de cunoştinţă a Sfintei Scripturi. Atunci, el a tradus Biblia în limba poporului său, susţinând că Biblia este singura sursă a adevărului, respingând toate afirmaţiile bisericii romano-catolice.
La anul 1409, un alt teolog catolic, numit Jan Huss -1373-1415, din Boemia, învăţa şi propovăduia doctrinele lui Wycliffe, prin care învăţa că Biblia este singura carte în materie de religie, dar Biserica Catolică nu l-a iertat, şi deşi i s-a promis siguranţă, a fost prins şi ars pe rug în anul 1415.
În anul 1481, Biserica Catolică a fost cercetată chiar acasă în Italia, când un călugăr numit Savonarola, cercetând Biblia, a început să predice cu putere împotriva păcatului în Florenţa, puternic oraş catolic. Cu scopul de a-l reduce la tăcere, Papa Alexandru i-a oferit să-l facă cardinal, dar Savonarola a refuzat. A fost declarat eretic, poporul s-a ridicat împotriva lui şi a fost spânzurat. Catolicii erau aşa de superstiţioşi, încât le era frică şi de osemintele lui, încât le-au dezgropat şi apoi ars în anul 1498.
Douăzeci de ani mai târziu, în Germania, un călugăr augustin, profesor de teologie, numit Martin Luther, deasemenea citind Biblia şi-a dat seama că învăţătura şi practica Bisericii Catolice nu e conformă cu învăţătura Noului Testament care scrie că "omul va fi mântuit prin credinţă, şi nu prin fapte". Într-o vizită la Roma, Luther este dezamăgit văzând corupţia de la Vatican. Astfel, întors acasă, la 31 octombrie 1517, el afişează pe uşile catedralei din Wittenberg, Germania, cele 95 de teze prin care Biserica Catolică e provocată la cercetare pentru reformă.
Reforma protestantă a avut mare succes în Germania de nord, şi în anul 1520 a ajuns şi în Franţa. Această idee a fost acceptată îndeosebi de clasa nobililor şi a intelectualilor cu mare influenţă în popor. Numărul protestanţilor a crescut aşa de mult încât Biserica Catolică, a provocat la război pe protestanţi. Sub unelltirea reginei mamă, Caterina de Medici şi a fiului ei Henry III al Franţei, s-a pregătit masacrul din noaptea sfântului Bartolomeu când la 24 august 1572, mii de protestanţi numiţi hughenoţi, au fost măcelăriţi de ostaşii guvernului. Este de remarcat cum în ciuda acestei mari pierderi, peste 17 ani, un conducător al hughenoţilor a ajuns rege al Franţei, sub numele de Henry IV. Renumitul rege francez, Louis XIV, a persecutat greu pe protestanţi, care în cele din urmă au părăsit Franţa şi au trecut în Anglia, Olanda, Elveţia şi Germania, formând noi comunităţi creştine evanghelice. Din cei ce au mai rămas se crede că 400.000 au trecut în noile colonii din America de nord.
Raţionalismul, prin Revoluţia franceză din anul 1789 a scos definitiv religia din viaţa poporului francez.
Prin anul 1533 un tânăr francez numit John Calvin, care studia sociologia, a ajuns în contact cu protestanţii a căror idee l-a captivat şi s-a convertit la protestantism, şi curând a ajuns un fruntaş al lor. Zelul protestant a deranjat mult cercurile ecclestiastice încât Calvin a trebuit să părăsească Parisul. A călătorit prin Franţa, Elveţia şi Italia şi din aceste călătorii s-a oprit la Geneva unde a cunoscut un anume William Farel, care încerca să introducă protestantismul în Elveţia. Întrucât în Geneva cardinalul catolic făcea eforturi ca poporul să se întoarcă la catolicism, Calvin a fost chemat să se întoarcă urgent la Geneva şi să apere cauza protestantismului. Calvin a devenit un fruntaş religios şi politic al oraşului Geneva.
În aceeaşi perioadă, tot în Elveţia, un alt tânăr teolog, numit Ulrich Zwingili, preot catolic, a fost şi el captivat de scrierile lui Luther şi în anul 1525 o rupe definitiv cu Biserica Catolică şi oficiază primul serviciu de închinare în spirit protestant, insistând asupra valorii Evangheliei în viaţa omului.
Tot în Elveţia, în această perioadă în regiunea unde se vorbeşte limba germană, în anul 1525 s-a născut mişcarea protestantă numita "anabaptiştii" care citind Scriptura au ajuns la convingerea că botezul copiilor mici nu are absolut nici o valoare deoarece conform Evangheliei omul trebuie să aibe credinţă pentru a putea fi botezat. Mişcarea s-a extins în Elveţia, Austia, Germania. Când şi aceştia au fost persecutaţi, ei s-au refugiat în Transilvania la fraţii moravieni şi s-au colonizat între Sighişoara şi Sebeş-Alba.
Tot în acelaşi timp, în Scoţia, un preot catolic numit John Knox a propovăduit idei protestante dar, deşi pentru acest motiv a trebuit să-şi părăsească ţara, protestantismul se stabilise deja şi în Scoţia.
În Anglia, regele Henry VIII rupe Biserica Engleză de sub controlul de la Roma declarându-se capul religiei în Anglia. Prin această rupere biserica a trecut sub influenţa protestanţilor, din care s-au născut două partide Una considera de bine ca biserica să fie independentă, dar să nu se rupă de practica bisericii catolice, iar cealaltă susţinea că este cazul că biserica trebuie să treacă la o viaţă creştină conform cu învăţătura din Scripturi şi aceştia s-au numit Puritani ce au avut o mare influenţă în viaţa religioasă şi socială a Angliei de atunci.
Din această partidă, s-a ridicat alta care contesta botezul copiilor mici insistând asupra botezului matur, înteimeiat pe credinţa individului în jertfa Domnului Hrostos, precum şi pe o viaţă corespunzătoare cu Evanghelia; aceştia s-au numit "Baptişti."
Biserica Ortodoxa de Răsărit din sec.IV, a rămas divizată de Bisericile Ortodoxe Orientale, monofizite şi Nestoriene. Biserica Ortodoxă de Răsărit a fost cercetată de Dumnezeu să revina la închinarea după Scriptură prin Chiril Lucaris (1572-1638). Acesta a fost un teolog ortodox care a învăţat în Italia de nord, la Veneţia şi Padua. Fiind foarte aproape de ţările protestante a fost şi el influenţat de aceasta învăţătură evanghelică. A fost profesor de teologie în Polonia, Patriarh de Alexandria şi Patriarh de Constantinopole. El a fost acela care a dăruit Episcopului de Cantebury manuscrisul Sfintei Scripturi numit Codex Alexandrinus. El a recomandat ca Biblia să fie tradusă în limba poporului şi a scris un catehism ortodox cu idei protestante de nunaţă calvinistă. Biserica Catolică a fost îngrozită de gândul că Biserica Ortodoxă ar trece la protestantism şi a uneltit moartea lui Lucaris, prin nişte călugări catolici deghizaţi care l-au strangulat în patul său.
La începutul secolului XX, Biserica Ortodoxă de Răsărit din România a fost mult cercetată de Dumnezeu cu scopul de a reveni la adevărata închinare creştină după Scriptură.